SARS-CoV-2 (COVID-19)(RNA-Nachweis) (neuartiges Coronavirus)


Probenmaterial
- Nasopharynx- und Oropharynxabstriche (Abstrichtupfer in PCR-Transportflüssigkeit)
- bronchoalveoläre Lavage
- Sputum
- Trachealsekret

Methode
realtime RT-PCR und Schmelzanalyse

Bearbeitungsfrequenz
werktäglich (Mo - Fr)

Nachforderung
innerhalb von 5 Werktagen, nur wenn bereits separates Material für eine andere PCR vorliegt

Erreger Meldung
Erregermeldung durch das Labor: namentlich an das Gesundheitsamt

Diagnose Meldung
Diagnosemeldung durch behandelnde Ärzte: Personen unter weiterer Abklärung, wahrscheinliche und bestätigte Fälle (Auftreten einer bedrohlichen Krankheit, wenn dies auf eine schwerwiegende Gefahr für die Allgemeinheit hinweist), namentlich an das Gesundheitsamt

Das seit Dezember 2019 in China aufgetretene neuartige Coronavirus (SARS-CoV-2) verbreitet sich immer stärker auch in Europa. Die hierdurch verursachte Erkrankung äußert sich in einer akuten respiratorischen Symptomatik jeder Schwere. Die aktuellen Informationen zu dieser Erkrankung (einschließlich Falldefinitionen, Hinweisen zur Diagnostik und Infektionsprophylaxe) veröffentlich das Robert Koch Institut (RKI) immer aktuell unter rki.de/nCoV
Siehe auch Flussschema des RKI zur Verdachtsabklärung und den entsprechenden Maßnahmen

Primärdiagnostik: qualitativer Test
Als ergänzende Tests stehen der Mutationsnachweis und der semiquantitative Nachweis zur Verfügung.

Nachweis der Varianten N501Y, E484K und Del HV69/70 im Spikeprotein von SARS-CoV-2:
Im Lauf der SARS-CoV-2 Pandemie haben die Viren eine zunehmende Anzahl von Veränderungen (Mutationen) in ihrer Erbinformation angehäuft. Bestimmte Mutationen können sich auf die Eigenschaften des Virus wie z.B. Übertragbarkeit, Virulenz oder Immunogenität auswirken.
Seit Mitte Dezember 2020 wird aus dem Vereinigten Königreich (UK) über die zunehmende Verbreitung einer Variante berichtet, die der Linie B.1.1.7 angehört. Im Dezember 2020 wurde zudem erstmals vom vermehrten Auftreten einer SARS-CoV-2 Variante in Südafrika (B.1.351) berichtet, die wie die Variante B.1.1.7 mehrere Mutationen im Gen für das im Spikeprotein aufweist. Im brasilianischen Staat Amazonas wurde eine SARS-CoV-2 Variante detektiert, die von der Linie B.1.1.28 abstammt (B.1.1.28 P.1). Bei diesen Varianten wird eine erhöhte Übertragbarkeit beobachtet. Eine erhöhte fallbezogene Sterblichkeit wird diskutiert. Alle drei Varianten werden mit unseren bisherigen PCR-Methoden zuverlässig nachgewiesen.
Die Varianten unterscheiden sich im Spektrum der verschiedenen Mutationen. Die Mutation A23036T wird bei allen drei Varianten gefunden. Diese Mutation bewirkt einen Aminosäureaustausch von Asparagin zu Tyrosin an der Position 501 (N501Y) im Spikeprotein. Dieser Austausch scheint die Affinität der Viren für das zelluläre ACE-2-Rezeptorprotein zu erhöhen. Die Mutation G23012A bewirkt einen Aminosäureaustausch von Glutaminsäure zu Lysin an der Position 484 (E484K) im Spikeprotein und wird hauptsächlich bei der Südafrika-Variante (B.1.351) und der Brasilien-Variante (B.1.1.28 P.1) gefunden. Eine Deletion von 2 Aminosäuren (Histidin 69 und Valin70) im Spikeprotein ist ein Merkmal der UK-Variante.
Im LABOR können alle drei Mutationen nachgewiesen werden. Ein negativer Nachweis von N501Y schließt eine Infektion mit einem der drei Stämme B.1.1.7, B.1.351 oder B.1.1.28 P.1 aus. Bei Nachweis von N501Y deutet ein zusätzlicher Nachweis von E484K auf eine Infektion mit der Südafrika-Variante (B.1.351) oder der Brasilien-Variante (B.1.1.28 P.1). Ein Nachweis von N501Y in Kombination mit der Deletion HV69/70 deutet auf eine Infektion mit der UK-Variante.
Damit ist ohne Sequenzierung ein schneller (i.d.R. innerhalb eines Tages) Nachweis der oben genannten bereits bekannten relevanten Varianten möglich.

Semiquantitativen Nachweis von SARS-CoV-2:
Anforderung nur nach vorangegangenem positiven Nachweis
Abgeschätzte Viruslast über 10 6 Genomkopien/ml: Rückschluss auf anhaltende Infektiosität, da SARS-CoV-2-Viruslasten >1 Million Kopien/ ml mit einer Replikationsfähigkeit in Zellkulturen korrelieren. (Angaben des RKI, Stand 29.12.2020)
Abgeschätzte Viruslast unter 10 6 Genomkopien/ml: mögliches zusätzliches Kriterium für eine Entlassung aus der Isolierung (ergänzende Einschätzung eines persistierend positiven PCR-Ergebnisses) - unter Beachtung aller unten genannten Limitationen: Rückschluss auf geringe oder fehlende Ansteckungsfähigkeit, da SARS-CoV-2-Viruslasten unter 1 Million Kopien/ ml mit fehlender Replikationsfähigkeit in Zellkulturen korrelieren. (Angaben des RKI, Stand 29.12.2020)
Das Ergebnis ist in diesem Rahmen nur verwertbar, wenn der Symptombeginn mehr als 10 Tage zurückliegt und eine nachhaltige klinische Besserung seit mehr >48 h zu verzeichnen ist.
Cave: Die SARS-CoV-2-Genomkopienzahl in Proben aus dem oberen Respirationstrakt unterliegt z. T. erheblichen Schwankungen (u.a. abhängig vom Infektionsstadium). Auch präanalytische Faktoren beeinflussen das Ergebnis erheblich. Ein nur flüchtig vorgenommener Rachenabstrich erbringt deutlich geringere Genomkopienzahlen als ein lege artis durchgeführter Nasopharynx-Abstrich.
Für die Einleitung von Maßnahmen bei Kontaktpersonen oder bei der initialen Entscheidung über Maßnahmen nach Erstdiagnose spielt die Genomkopienlast im Untersuchungsmaterial keine Rolle. (Angaben des RKI, Stand 29.12.2020)
Wir benötigen hierzu eine Neueinsendung mit eigener Anforderung. Eine Nachforderung aus einer bereits vorliegenden (positiven) Probe ist nicht möglich